9月16日，浙江大学的李兰娟（LanjuanLi）院士和秦楠（NanQin）研究员在《自然》（Nature）杂志上撰写文章，回复了弗吉尼亚州立联邦大学及McGuireVA中心的JasmohanS.Bajaj对于课题组一项肝硬化研究成果提出的质疑。
年，李兰娟、郑树森院士、秦楠研究员以及法国农业科学研究院的S.DuskoEhrlich教授在Nature杂志上联合发表了一项重要的研究成果：通过分析比较98名肝硬化患者和83名健康对照个体，揭示出了肝硬化肠道微生物的特征。
他们构建出了一个参考基因集，其中包括万基因，其中36.1%为新基因。定量宏基因组学揭示，患者和健康个体之间75,个基因的丰度存在差异，可将它们分为66个代表同源细菌物种的组群；其中28个丰富地存在于患者体内，38个丰富存在于对照个体中。大多数(54%)在肝硬化患者体内丰富的细菌起源于口腔，首次发现了它们是从口腔侵入到了肠道。
通过与2型糖尿病和炎性肠病进行比较，研究人员还揭示出了基因和功能水平上肝硬化的一些特异生物标记物。基于15个生物标记物，他们构建出了高度精确的患者鉴别指标（discriminationindex），并在一个独立的组群中对其进行了验证。
然而，9月16日Nature杂志上一篇题为“De 首先Bajaj等提出，之前原Nature论文报道可通过微生物组分析对肝硬化做出诊断有可能主要归因于失代偿患者(DP)的微生物组改变。为了解决一问题，原Nature论文的合著者们测试了用微生物组分析来诊断代偿患者(CP)及失代偿患者(DP)的准确性。结果证实，两类患者之间的肠道微生物组改变具有一些高度相似的特征，且这些特征受药物的影响不大。因此，原Nature论文作者认为，Bajaj无法有效地区分健康对照和代偿患者可能是由于Bajaj借助广泛采用的编码16S核糖体RNA基因焦磷酸测序的结果提供的分辨率不足，其差异仍然是在属（genus）水平上，而李兰娟秦楠及DuskoEhrlich教授采用的定量宏基因组学达到了种（species）水平。
原Nature论文作者表示，尽管代偿患者和失代偿患者的肠道微生物组变化之间有相似性，但两组之间也存在一些差别。Bajaj等正确地指出了研究报告中终末期肝病(MELD)模型中的一个计算错误；但校正后数据对结果意义影响不大。此外，原Nature论文作者还进一步探究了代偿患者与失代偿患者之间微生物组改变，在原来66个代表同源细菌物种的基础上又发现了13个新的代表同源细菌物种。分析还证实了微生物组的改变与疾病的严重程度相关，但却没有迹象表明在失代偿情况下一种不同的组成物发生了跳跃式改变——Bajaj认为这会混乱微生物组的分析结果。
原Nature论文作者最后表示，尽管他们赞同Bajaj等所说的应谨慎对待微生物组分析中一些潜在的混淆因素，但却坚决反对Bajaj等提出的他们报告的并非是与肝硬化相关的肠微生物群的真实差异而是“偶然现象”。原Nature论文作者指出，微生物组分析或许可以取代当前不适当的临床诊断参数和/或肝脏活组织检查等侵入性操作来检测出代偿性肝硬化。
作者简介：
李兰娟
女，主任医师，教授，中国工程院院士、现任传染病诊治国家重点实验室主任、国家传染病学重点学科、建设学科学术带头人、浙江省传染病重点实验室主任。博士生导师，教育部生物与医学学部主任，中华医学会副会长，中国卫生信息协会副会长，中国生物医学工程学会副理事长,中华医学会感染病学分会主任委员、肝衰竭与人工肝学组组长，全国人工肝培训基地主任，中华预防医学会微生态学分会主任委员，国际血液净化学会理事，浙江省医学会会长。从事传染病临床、科研和教学工作40年，是我国著名的传染病学家。作为我国人工肝的开拓者，她创建独特有效的人工肝支持系统治疗重型肝炎获重大突破。首次提出感染微生态学理论，从微生态角度来审视感染的发生、发展和结局，为感染防治提供了崭新的思路。承担了国家“”、“”、“十五”攻关、国家科学基金重点项目等课题10余项。发表论文余篇，其中在Lancet、NEJM、hepatology和PNAS等SCI收录杂志发表余篇，授权发明专利22项。以第一完成人获得国家科技进步二等奖2项，省科技进步一等奖5项，教育部高校推广应用奖二等奖1项。主编出版了我国首部《人工肝脏》、《感染微生态学》和教育部规划教材《传染病学》等专著28部。还担任“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”科技重大专项“十二五”计划技术副总师、“综合防治示范区和现场研究”责任专家组组长。年荣获“全国优秀科技工作者”称号。为我国传染病诊治作出了重大贡献。
秦楠
男，浙江大学感染性疾病协同创新中心研究员，博士生导师，国际人体微生物组协会(InternationalHumanMicrobiomeConsortium)秘书长，浙江大学传染病诊治国家重点实验室基因组学平台负责人，中国预防医学会微生态分会常务委员，青年委员会副主任委员,消化与营养组副组长。于年山东大学生命科学院本科毕业，年获得美国弗吉尼亚理工大学生命科学微生物学方向博士学位，同年加入华大基因担任微生物基因组部门负责人。年加入浙江大学医学院组建了二代测序及生物信息平台并担任负责人，参与我国微生态领域唯一的计划《肠道细菌微生态与感染和代谢的研究》，旨在建立肠道菌群的宏基因组、宏转录组和肠道单菌全基因组数据库；阐明肠道微生态失衡与宿主代谢、免疫调控的网络作用关系及其在感染发生发展中的作用机理；探索肠道菌群重建，新型微生态干预防治感染的新策略和新方法。除了感染性疾病研究，秦博士研究领域还包括肿瘤，代谢类疾病，自身性免疫疾病与肠道菌群的关系，这些研究的长期目标是开发人类健康相关的肠道微生态诊断预防及治疗的新技术。多项研究成果发表在Nature、Science、NatureGenetics、PNAS、PlosBiology等国际顶尖学术期刊上。
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